这样以来，图特摩斯三世就彻底成了名义上的国王了。此后几年，哈特谢普苏特公主过了一段舒心畅快的日子。她借图特摩斯三世之口发号施令，统令全国。政令通行无阻，民众生活安宁，埃及王国此时一片太平景象。
但是，图特摩斯三世渐渐长大了。他开始显示自己的政治意志，例如亲自询问一些事件的处理，各级官员的安排，军事力量的布置，年成、收入的情况等。哈特谢普苏特又意识到了问题的严重性——图特摩斯三世年龄的增长如果加上那些反对者的影响，会促使国王的早日觉醒。到一定时候，国王羽翼丰满，能独立为政，她就无政可摄了。所以，‘先下手为强’，在图特摩斯十五岁那年，她向朝臣宣布国王脾气暴躁，举止无常，需要静心养气，调理精神，就把国王流放到了一个偏僻的地方——卡纳克。又让手下人设法让国王成了阿芒神庙中的一位年轻僧侣，彻底解决了这个后患。
公元前1503年，哈特谢普苏特公主终于实现了自己平生的最大心愿——她取得了国王的标志，徽章，服饰等多种象征物，正式给自己加冕，做了名符其实的国王。
哈特谢普苏特的继位震惊了当时埃及王国的上上下下。因为，在此之前，包括公元前一五零零年以前的所谓‘前王朝’时期，埃及人还从来未见过一位妇女当朝主持朝政。所以，如何稳定自己的王位成了摆在哈特谢普苏特面前的头等大事。这时，她的聪明机智又一次发挥了作用。首先，她必须克服性别的障碍。因为国王经常要主持一些祭拜仪式，如洁身仪式，参加者都是男性贵族。哈特谢普苏特开始换着男装，模仿男子的姿式动作，戴上男性的标志之一假胡须，也用男性的代名词来称呼自己。然后，她制造了维护她的王权的各种舆论。那个时候，埃及人最崇拜的神是太阳神阿芒。经过深思熟虑，她开始声称自己是阿芒神之女，并且派遣许多亲信，走遍全国，到处散播着关于她出生在世的神话故事。她又派艺术家把这故事做成浮雕，用生动的形象向人们叙说她的出生。后来——”