他在这一年的年底，亲自撰写的一篇《祀灶文》，文中表达了自己万般无奈的心情：“朕经营天下数十年，事事按古就绪。惟宫城前昂后洼，形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”
我们知道，朱元璋一向都是我定胜天的样子，如今说出这样无奈的话，真是异常凄凉，知道自己再厉害，终究还是厉害不过老天！
国都一事，便成了朱元璋一生最大的遗憾，至死都没有妥善解决。
洪武三十一年闰五月初十，公元1398年6月24日，年迈的朱元璋，终于抵挡不住老天，驾崩于应天皇宫，他下遗诏说：“朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。今得万物自然之理，其奚哀念之有。皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。丧祭仪物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。诸不在令中者，推此令从事。”