当表示容纳天主教的士大夫一再上疏、撰述，要求对西方传教士采取宽容的态度时，一些保守的士大夫也用同样的形式表述相反的排斥意见。这些意见有来自坚持理学立场的，有来自佛教徒的，有来自封建卫道士的。他们排击、批判的方面各有侧重：有的从理论方面，有的从信仰方面，有的从政治方面；而最终成果则是崇祯十二年（1639年）由徐昌治订正印行的《圣朝破邪集》及崇祯十六年（1643年）续刻的《破邪集》。
从传统儒学立场攻击天主教理论的代表有钟始声、黄贞、陈侯元、许大寿等人。他们排斥天主教的根本目的，是担心千年的儒学道统会被来自西夷的“天学”所取代：“夷固不即灭儒也”，但是当其“爪牙备，血力强，一旦相与蹲素王之堂，咆哮灭之，予小子诚为此惧”[78]。为了捍卫道统，他们纷纷动笔对传教士的理论进行讨伐，与利玛窦、艾儒略等西方传教士展开论战。钟氏曾写有《天学初徵》、《天学再徵》，黄氏写有《尊儒亟镜》，陈氏写有《西学辩》，许氏则写有《佐辟》等著作。